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生物數(shù)據(jù)分析技能培訓

核酸信息注釋
NCBI數(shù)據(jù)庫：Gene（參考序列）、Unigene（標準參考序列）、Nucleotide（非參考序列）數(shù)據(jù)庫。
EBI數(shù)據(jù)庫：HGNC（標準全稱/縮寫識別、轉(zhuǎn)換）、Expression Atlas（表達圖譜）子數(shù)據(jù)庫。

核酸信息注釋
基因結構數(shù)據(jù)庫：內(nèi)含子剪切位點、可變剪接、啟動子序列及分析策略、轉(zhuǎn)錄因子及其結合位點。

蛋白質(zhì)信息注釋
蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫：UniProt數(shù)據(jù)庫。
蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫：String數(shù)據(jù)庫。
蛋白質(zhì)三級結構數(shù)據(jù)庫：PDB數(shù)據(jù)庫。
功能注釋數(shù)據(jù)庫：GO、KEGG數(shù)據(jù)庫。

非編碼RNA信息注釋及靶點分析
非編碼RNA注釋、靶點預測、驗證靶點、功能及疾病關聯(lián)等數(shù)據(jù)庫。
1.miRNA：miRBase、TargetScan、miRTarBase、miRPath、miRDB等數(shù)據(jù)庫。
2.LncRNA：NONCODE、LNCipedia、lncRNAdb、LncBase等數(shù)據(jù)庫。
3.CircRNA：circBase、starBase、CircInteractome等數(shù)據(jù)庫。

表達數(shù)據(jù)挖掘與聚類分析
利用GEO2R在線工具進行GEO數(shù)據(jù)挖掘。
先利用ArrayTools軟件處理從GEO數(shù)據(jù)庫下載的表達數(shù)據(jù)，再利用Cluster/Treeview軟件進行聚類分析。
利用UALCAN在線工具進行TCGA數(shù)據(jù)挖掘。

基因集共表達分析
基因集共表達分析策略。
利用DAVID在線工具進行基因集功能富集分析（GO、KEGG Pathway），并利用Excel軟件/Venn在線工具繪制富集圖/維恩圖。
利用bioDBnet在線工具轉(zhuǎn)換基因集ID。
基因集相互作用圖形化分析。

交互作用數(shù)據(jù)可視化分析
利用Cytoscape軟件進行關聯(lián)基因注釋及其交互關系、分子間相互作用、基因集差異表達、基因集共表達的可視化分析。