課程大綱：生物信息學(xué)：導(dǎo)論與方法培訓(xùn)
導(dǎo)論與歷史
歡迎選學(xué)“生物信息學(xué)：導(dǎo)論與方法”
熟悉生物信息學(xué)的基本概念；了解生物信息這一年輕領(lǐng)域的歷史；體會生物信息學(xué)的迅猛發(fā)展。
課程補(bǔ)充材料可以加深你對課程講座內(nèi)容的理解，雖然小測和考試對這些內(nèi)容不作要求。
序列比對
完成本模塊的課程后你將可以： 掌握基于動態(tài)規(guī)劃編程思想的序列比對算法； 區(qū)分Needleman-Wunsch全局比對算法和Smith-Waterman局部比對算法；
了解空位罰分背后的原理和計算算法的復(fù)雜度將幫助你在你自己的研究中應(yīng)用現(xiàn)有的生物信息學(xué)工具；
你還可以一睹Smith-Waterman算法的發(fā)明人Michael Waterman博士的風(fēng)采。
序列數(shù)據(jù)庫搜索
完成本模塊的課程后你將可以：熟悉序列數(shù)據(jù)庫搜索和常見的序列數(shù)據(jù)庫；
領(lǐng)略BLAST背后算法的奧妙；掌握日后在你自己的科研項目中調(diào)節(jié)BLAST參數(shù)的方法。
馬爾可夫模型
完成本模塊的課程后你將可以：了解狀態(tài)轉(zhuǎn)移、馬爾科夫鏈、馬爾科夫模型的基本概念；
親手完成一個隱馬爾科夫模型；利用隱馬爾可夫模型在一個實(shí)際的生物學(xué)問題中作出預(yù)測。
新一代測序NGS：重測序的回帖和變異鑒定
完成本模塊的課程后你將可以：描述新一代測序的特點(diǎn)；了解你得到的NGS變異結(jié)果是用哪些序列回帖和變異鑒定方法完成的；
親歷NGS數(shù)據(jù)分析流程，體會其中生物信息工具在NGS數(shù)據(jù)分析中的應(yīng)用。本模塊是模塊7的先修模塊。
變異的功能預(yù)測
完成本模塊的課程后你將可以：了解什么是變異功能預(yù)測和如何進(jìn)行變異功能預(yù)測；
在你得到一些可能的變異位點(diǎn)時學(xué)會利用變異數(shù)據(jù)庫解決自己的研究問題；
了解變異預(yù)測工具（SIFT，Polyphen和SAPRED等）背后的機(jī)理差異并會在自己的研究課題中按需應(yīng)用這些工具。
新一代測序NGS：轉(zhuǎn)錄組分析RNA-Seq
完成本模塊的課程后你將可以：了解轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)是如何產(chǎn)生的；掌握轉(zhuǎn)錄組分析中的重要計算方法；體驗RNA-seq的數(shù)據(jù)分析流程；本模塊是模塊9的先修模塊。
非編碼RNA的預(yù)測及分析
完成本模塊的課程后你將可以：掌握從轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中分析非編碼RNA的方法；
掌握從NGS數(shù)據(jù)中鑒定長非編碼RNA（lncRNA）并預(yù)測其功能的方法。
本體論、分子通路鑒定
完成本模塊的課程后你將可以：了解本體論和基因本體輪等重要定義；了解KEGG通路數(shù)據(jù)庫；
了解GO的注釋消息；在藥物成癮研究中學(xué)會使用KOBAS進(jìn)行通路分析。
生物信息數(shù)據(jù)庫及軟件資源
完成本模塊的課程后你將可以：高屋建瓴的去了解重要的生物信息資源（生物信息數(shù)據(jù)庫和軟件工具等）；對NCBI, EBI, UCSC
基因組瀏覽器這樣集中型的生物信息資源與各種獨(dú)立的生物信息資源的概況有廣泛的了解和認(rèn)識；
將你的研究內(nèi)容和相關(guān)生物信息資源聯(lián)系在一起。
新基因起源
完成本案例模塊的課程后你將可以：體驗生物信息數(shù)據(jù)、方法和分析是如何解決一個重要的演化問題的；
領(lǐng)略物種特異性新基因的起源、演化、功能研究和分析方法；
研究案例II- DNA甲基化酶的演化功能
完成本案例模塊的課程后你將可以：親歷生物信息學(xué)方法對DNA甲基化酶的功能和演化的研究；
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