曙海教學(xué)優(yōu)勢(shì)
本課程,秉承二十一年積累的教學(xué)品質(zhì),以項(xiàng)目實(shí)現(xiàn)為導(dǎo)向,面向企事業(yè)項(xiàng)目實(shí)際需要,老師將會(huì)與您分享設(shè)計(jì)的全流程以及工具的綜合使用經(jīng)驗(yàn)、技巧。課程可定制,線上/線下/上門皆可,熱線:4008699035。
曙海培訓(xùn)的課程培養(yǎng)了大批受企業(yè)歡迎的工程師。大批企業(yè)和曙海
建立了良好的合作關(guān)系,合作企業(yè)30萬(wàn)+。曙海培訓(xùn)的課程在業(yè)內(nèi)有著響亮的知名度。
培訓(xùn)大綱:
一、Perl的基本語(yǔ)法
1.變量:標(biāo)量,數(shù)組(一維數(shù)組和二維數(shù)組)和哈希
2.數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu):循環(huán),條件
3.常用函數(shù)
二、文件與目錄操作
1.文件的讀入與輸出
2.文件測(cè)試
3.目錄操作
三、正則表達(dá)式
1.匹配操作符及修飾符
2.替換操作符及修飾符
3.轉(zhuǎn)換操作符
四、子函數(shù)、包和模塊
1.子函數(shù)
2.包
3.模塊
五、Bioperl簡(jiǎn)介和常用的模塊
1.簡(jiǎn)介
2. Bio::SeqIO
3.其他模塊簡(jiǎn)介
六、在NGS中應(yīng)用范例
主要通過(guò)實(shí)例講解文件的輸入與輸出,常用生物學(xué)格式的讀取與操作;文件的過(guò)濾與合并等。具體實(shí)例如下:
1.根據(jù)ID提取FASTA序列(數(shù)據(jù)篩選)
2.根據(jù)位置提取FASTA序列(函數(shù),包括反向互補(bǔ)等的實(shí)現(xiàn))
3.統(tǒng)計(jì)FASTA序列GC含量(哈希解決統(tǒng)計(jì)數(shù)目類問(wèn)題)
4.統(tǒng)計(jì)大于指定長(zhǎng)度的FASTA序列(數(shù)據(jù)篩選)
5.提取GFF3文件中多外顯子基因的注釋信息(二維數(shù)組與哈希)
6.FASTQ序列按照指定的Read數(shù)目進(jìn)行切割(文件分割)
7.FASTA序列切割成一條序列一個(gè)文件,并用序列ID進(jìn)行命名(文件操作)
8.提取有完整編碼框的(有起始密碼子和終止密碼子)CDS序列(正則)
9. GFF3與GTF互相轉(zhuǎn)換(格式轉(zhuǎn)換)
10.將DNA翻譯為蛋白質(zhì)序列(正則)
11.提取指定基因的GFF3注釋信息(篩選)
12.將每一個(gè)樣本的FPKM值合并到一個(gè)文件中(文件合并)
13.根據(jù)Identity和Coverage篩選BLAST結(jié)果(過(guò)濾)
14.坐標(biāo)轉(zhuǎn)換(數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換)
15.提取指定位置的基因注釋信息(提?。?br/>
七、CPAN簡(jiǎn)介
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